Категория
Биология
Тип
статья
Страницы
5 стр.
Дата
13.04.2013
Формат файла
.html — Html-документ
Архив
381504.zip — 4.47 kb
  • postroenie-3d-modelej-ciklicheskix-molekul-v-estestvennyx-peremennyx_381504_1.html — 12.63 Kb
  • Readme_docus.me.txt — 125 Bytes
Оцените работу
Хорошо  или  Плохо


Текст работы

Построение
3D-моделей циклических молекул в естественных переменных

Е.Г. Атавин, Омский государственный
университет, кафедра органической химии

1. Введение

Интерес к геометрическому строению циклических молекул,
интенсивно изучаемых как экспериментальными, так и расчетными методами, определяется
не только их важнейшей ролью в органической химии и биохимии, но также сложностью
и практически неисчерпаемым количеством соответствующих конформационных вариантов,
особенно в случае гетероциклических соединений. Для построения модели (т.е. вычисления
3N декартовых координат) N-атомной молекулы в общем случае достаточно задать
3N-6 значений структурных параметров - межъядерных расстояний, валентных углов и
углов внутреннего вращения, называющихся также внутренними или естественными переменными
и легко оценивающихся по имеющимся эмпирическим закономерностям [1]. Оставшиеся
6 степеней свободы связаны с выбором положения и ориентацией молекулы в пространстве.
Тем не менее, число структурных параметров, описывающих строение N-атомных моноциклических
молекул, равно 3N (N межъядерных расстояний, N валентных углов и N углов внутреннего
вращения). Из этих параметров лишь 3N-6 являются независимыми, и их значения можно
выбирать произвольно (в пределах условия замыкания цикла). Оставшиеся 6 параметров
называются зависимыми и определяются значениями независимых параметров.

Отметим, что пространственное строение нециклических молекул
полностью описывается заданием значений N-1 межъядерных расстояний, N-2 валентных
углов и N-3 углов внутреннего вращения. Замыкание цепи атомов в цикл увеличивает
на единицу количество независимых межъядерных расстояний. При этом количество независимых
угловых переменных уменьшается и становится недостаточным для непосредственного
использования ранее рассмотренных алгоритмов построения нециклических молекул [2].



Ваше мнение



CAPTCHA